Tanto el templo como el monasterio de La Concepción fue una fundación del rico mercader Luis López Ortiz, originario de Plasencia, España, establecido en Bogotá pocos años después de la fundación de la ciudad.
El templo fue construido por el maestro Juan Sánchez García, y es la joya arquitectónica más antigua de la ciudad, ostentando la “decanía” de la arquitectura eclesiástica colonial
En septiembre de 1583, el arzobispo de Bogotá, Fray Luis Zapata de Cárdenas, bendijo la primera piedra acompañado del obispo de Cartagena de indias, Fray Juan Montalvo y de Santa Marta, Fray Sebastián Obando.
El templo es de una sola nave con bóveda de cañón que tiene un hermoso alfarje con mocárabes y ornamentación geométrica, armoniosamente distribuidas, en la que resaltan el dorado y los tonos blancos, ocres y verdes de su pintura.
El arco toral el arco que separa el presbiterio del cuerpo del templo es de estilo barroco con: capiteles corintios y ricamente ornamentado. Tiene en él intradós una ronda de querubines y una de yacerías; y sus jambas están cubiertas con admirables tallas en madera que representan una exuberante flora y fauna.
El artesonado del presbiterio, que ostenta una rica carpintería de lo blanco, es de estilo mudéjar con configuraciones de dragones y querubines que enmarcan una intrincada geometría de flores y estrellas que se interrumpen para dar paso a los respiraderos. Es de una belleza única.
Este artesonado, traído de Sevilla, España, adornó anteriormente la casa que poseía en Tocaima el hacendado D. Juan Díaz Jaramillo y al ser arrasada en 1581 por una creciente del río Patí, hoy, río Bogotá, lo dono a este templo.
La bóveda de la iglesia está literalmente tapizada por la talla de cientos de motivos geométricos combinado con representaciones naturalistas de flores y frutos de admirable belleza y policromía.
Las pinturas de los arcos de las dos hornacinas es donde se encuentran las imágenes del Sagrado Corazón de Jesús y de la Divina Pastora son de una extremada delicadeza y de una ingenuidad admirable. En los muros de la iglesia se pueden visualizar resto de pinturas posteriores sin valor artístico.
La iglesia tiene dos puertas de acceso y ambas son de una rusticidad y textura originales, muy simples y graciosas. La principal es de piedra sin tallar y de capiteles jónicos, la otra es de sillares de piedra hasta la mitad del fuste y el arco es de ladrillo.
Sobre la dovela del arco principal de la iglesia se encuentra esta inscripción: SMDCNILºPZº 1583 y cuya interpretación puede ser: Sanctae Marise Deigenitrici Christi Nostri, Luis López Ortiz, año 1583, es decir: Templo dedicado a Santa María Madre de Dios, Nuestro Señor Jesucristo.
Hay dos cosas dignas de anotarse en esta inscripción:
1. La fina percepción del pueblo Bogotano que casi desde los años de la fundación de Bogotá ya tenía muy claro los conceptos de fe cristiana y de su acendrada devoción mariana, a Cristo y a María, su Madre.
2. Dedicarla a la limpia e Inmaculada Concepción de María, adelantándose en más de dos siglos a la proclamación dogmática de este misterio realizados por el Papa Pío IX el 8 de diciembre de 1854.
Las celosías son unas enrejadas que se ponen en los ventanales y que sirven para ocultar a los que se encuentran tras ellas.
En el templo estas celosías están puestas para que las monjas y los religiosos puedan fácilmente satisfacer su devoción y su recogimiento ante Jesús en el Sacramento, sin ser observados por nadie.
En este templo hay tres en total; dos en el presbiterio y una frente a la puerta principal, las dos del presbiterio son originales y se descubrieron durante la remodelación del templo; los tres vanos de las celosías son de la época en que se construyó el monasterio.
En las escasas pinturas encontradas en el coro superior del templo se pueden observar:
- Aparte de la ingenua y delicada pintura mural, repetitiva de la ornamentación y que adorna los arcos.
- La pintura de una monja que bien pudiera ser el retrato de alguna abadesa, o de alguna santa de la familia franciscana.